2010年2月10日 星期三

觀察實驗資料和畫圖表的小技巧

之前在《減少操作實驗浪費的時間》提到一些做實驗的小技巧,方便自動化重覆實驗、觀察結果和產生圖表。最近實驗做得比以前更多,意外發覺更好用的方式 。有需求就會進步,這是工程師的宿命啊!

主要的改變有三點:

  • 用 Python 寫程式執行實驗。Python 功能比 shell script 強上不少,也方便維護和增加功能。「Can I use Python as a bash replacement?」提到這樣做的好處和簡單的實施要點。什麼?你看了上篇文章發現我好像用 Ruby 較多?這...總之我跳槽了。男子漢做事,有時是不需要理由的!
  • 改用 SQLite 當資料庫。使用 local database 至少有兩個好處:每次實驗都重建一個新資料庫,方便保留不同實驗結果;少掉煩人的設定,可以更彈性地使用。實驗後可以用 sqlite3 看內容,或另寫程式下 SQL 彙整結果。若有架 Wiki,直接將結果輸出成 Wiki code 也不壞,容易加上顏色、粗體和表格。
  • matplotlib 畫圖。matplotlib 是一套 Python 繪圖函式庫,能畫長方圖、折線圖、直方圖等多種類型圖片。更重要的是,它畫得還挺不賴的 (見官網範例)!既可以在 matplotlib 內建的應用程式裡看結果,也能存成 PNG 檔。依我個人過去用 gnuplot 的經驗,matplotlib 好用許多。不過這可能取決於使用者有多熟悉 Python。若你也喜歡用 Python,matplotlib 無疑是最好的選擇。「Tools I use: matplotlib」提出相似的見解,有興趣的人可以參考看看。

不論是 SQLite 還是 matplotlib 都有嚇死人詳細的文件,配合範例程式學起來挺輕鬆的。目前唯一的不便之處是,當實驗數據更多時,有時只想看部份東西,再一步步看不同層面。若一口氣把全部資料畫成圖表,不容易閱讀。有空時想來研究看看 Django (殺雞用牛刀嗎?),看能不能寫個簡單網頁,做為互動呈現數據的介面。反正資料存在 SQLite 裡,容易用各種方式存取資料。

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